La storia di questa Chiesa si snoda tra leggenda e fatti realmente accaduti. La prima narra che intorno  alla metà del 1600 una nave proveniente da Napoli con a bordo il quadro della Madonna di Piedigrotta, venne colta da una tempesta violenta. Il capitano e il suo equipaggio iniziarono a pregare intensamente rivolgendosi  al quadro che era collocato nella sua cabina.

La nave, durante il terribile nubifragio, si schiantò contro una scogliera e il carico andò perso. Fortunatamente l’equipaggio al completo, compreso il suo comandante, riuscì a raggiungere a nuoto la riva. Sullo stesso punto della costa approdarono il quadro dell’ Effige e la campana di bordo datata 1632.

La baia che fu salvifica per gli uomini scampati al temporale non era frequentata da pescatori, come comunemente si racconta, ma da scalpellini che vi si recavano per tagliare i blocchi di roccia sedimentaria, erroneamente detta “tufo”, utilizzata per le costruzioni edili. Costoro, insieme ai marinai, presero il quadro della Madonna e lo collocarono in un’ insenatura  nella roccia per preservarlo da eventuali mareggiate. Il tentativo risultò fallimentare: altre due successive mareggiate si portarono via il quadro ma, puntualmente, questo veniva ritrovato nel punto esatto in cui era approdato la prima volta. A questo punto quegli stessi scalpellini interpretarono i fatti come una precisa volontà della Madonna ed esattamente di fronte al luogo dei rinvenimenti, ingrandirono la grotta naturale ivi esistente per farne una Chiesa a lei dedicata dove riporre il quadro.